Yosemiteに移行したら、フォント管理ツールのFontExplorerX1.2.3がうまく動かなくなってしまいました（自分の環境だけかもしれません）。フォントは別ディレクトリに保存しておき、FontExplorerX1.2.3でフォントフォルダをアクティベート。その場ではきちんとフォントを認識するのですが、システムを再起動したら認識できなくなってしまいます。何度トライしてもダメ。なぜだ？？ う〜ん、有料のフォント管理ツールは1万円前後とお高いし…。さすがに開発が止まっているアプリだけにムリかなと思いつつ、いろいろ試した結果、意外と簡単に解決できましたのでメモ。
ユーザ/ライブラリ/Fontsにフォントを入れてFontExplorerX1.2.3で管理するだけ
今までは別のディレクトリで管理していたフォントを、ユーザ/ライブラリ/Fontsに直接入れたら、再起動後もアクティベートできました。なんだ、それだけか。大量のフォントを入れたら起動が遅くなるかもしれませんが、システムはSSDにしてるから良しとしましょう。使いたいフォントを認識させるのも今まで通り簡単。ボックスにチェックを入れるだけ。グループごとやプロジェクトごとに分けておくと、InDesignやIllustrator使用時にフォントリストがスリムになって選択しやすいです。
※FontExplorerX 1.2.3を起動しているとPhotoshopとコンフリクトして起動できません。Photoshopを使う場合は、FontExplorerX 1.2.3を終了して下さい。
フォントがインストールされる場所などをメモしておきます。
＜システム/ライブラリ/Fonts＞
可能な限り手を加えない。起動できなくなる場合あり
＜ライブラリ/Fonts＞
すべてのユーザが使えるフォント
＜ユーザ/ライブラリ/Fonts＞
そのユーザだけが使えるフォント。基本的にココにインストール
＜ユーザ/Adobe InDesign/Fonts＞
InDesignのみが使用できます
＜ユーザ/Adobe Illustrator/Fonts＞
Illustratorのみが使用できます※自分でフォルダを作成
YosemiteでFontExplorerX1.2.3を使用するフォント管理フロー
フォント管理ツールはお高いので、無料のFontExplorerX1.2.3を使ったフローを紹介。最小限のフォントのみ残すには、ユーザ/ライブラリ/Fontsを整理して下さい。
1.「ユーザ/共有」内に「MyFonts」フォルダを作成
2.その中に「ライブラリから移動」フォルダを作成
3.「ライブラリ/Fonts」より、ヒラギノと遊書体のみ（12項目）残し、ほかのフォントを上記
の「ライブラリから移動」フォルダに移します。コピーされた場合はライブラリのフォントを削除してOK
4.「ユーザ/ライブラリ/Fonts」フォルダに、使いたいフォントをフォルダにわけて入れる。
5.FontExplorerX 1.2.3で管理
6.Macを再起動
以上の作業で、だいぶフォントがスッキリしますよ。
システムフォントを整理するともっとスッキリしますが、リスクがあるので自己責任で。
TrueTypeとType1フォント
Helveticaを筆頭に、PostScript Type1版とTrueType版とで異なるフォントがあります。一見同じように思えますが、形状などが違うために注意が必要です。Mac OSではTrueType版の「Helvetica.dfont」を使っていて、FontExplorerにType1版を入れてもコンフリクトしてしまいます。InDesignやIllustratorでType1フォントを使うには、アプリケーションと同階層の「Fonts」に入れましょう。この場合だと、フォント重複のアラートがでません。InDesignはアプリケーションの中に「Fonts」フォルダがありますが、Illustratorには同フォルダがないため、自分で作成する必要があります。
※管理人はアプリケーションと同階層の「Fonts」に、HelveticaとOptimaを入れています。
（番外編）
システムから外してもあまり支障がない（だろう）フォント
Apple Braille Outline 6 Dot
Apple Braille Outline 8 Dot
Apple Braille Pinpoint 6 Dot
Apple Braille Pinpoint 8 Dot
Apple Braille
Apple Symbols
GeezaPro
STHeiti Light
STHeiti Medium
STHeiti Thin
STHeiti UltraLight
Thonburi
システムから絶対に外してはならないフォント（起動できなくなる可能性あり）
Geneva
Helvetica
HelveticaNeue
HelveticaNeueDeskInterface
Monaco
Keyboard
LucidaGrande
LastResort
※不注意でフォントを外してしまって起動できなくなった経験あり。そのときはOSを再インストールすることで対処しました。やはり、システムフォントの整理は十分に注意しなくては！
3月6日追記）
Library/FontsフォルダからOsakaフォントを抜くと、Photoshopのフィルター使用時にエラーが出ることがあります。こちらの記事にも書いていますが、「要求された操作を完了できません」というエラーが発生しますので、Osakaフォントは外さないようにしましょう。